Il sistema di scarico del refluo dopo il trattamento, prevede due fasi di controllo che precedono lo scarico finale:
la prima fase consiste nel controllo di alcuni parametri indicativi della qualità dello scarico. Il refluo viene prelevato da una vasca intermedia ed analizzato in continuo mediante apparecchiatura TOC. La vasca intermedia è collocata tra la vasca finale e le vasche del trattamento biologico.
La seconda fase avviene nella vasca finale, suddivisa in due volumi di 120 mc/cad. che hanno la funzione di confinare la produzione durante le ore notturne e/o comunque per un ciclo di 8 ore. Il successivo controllo ed esito positivo delle analisi da parte del personale di laboratorio, abilita lo scarico del refluo verso il recapito finale.